指紋采集設備在不同的使用環(huán)境中可能會產生不同程度的誤差，指紋本身也可能因為染色、疤痕、汗水或者灰塵而看起來有些不一樣。這就讓指紋識別系統(tǒng)出現(xiàn)了一些出錯的可能性，例如把相同的指紋認定位不同的指紋，或者把不同的指紋認定成相同的指紋，甚至根本不能識別出指紋來。第一種情況出現(xiàn)的概率被叫做拒判率或者拒真率（FRR，False Rejection Rate），第二種情況出現(xiàn)的概率被叫做誤判率或者認假率（FAR，False Accept Rate），根本不能識別指紋的情況，被稱為拒登率（ERR，Error Registration Rate）。指紋識別系統(tǒng)的可靠性和可用性，取決于這三種情況出現(xiàn)的概率。很容易可以看出，FRR和FAR之間存在一定的反比關系，這就讓系統(tǒng)的開發(fā)者不得不在易用性和安全性之間尋找到平衡。在我們日常使用中，低于1%的誤判率基本上是可以接受的。

   雖然有這樣的可靠性問題，但是指紋識別技術的安全性還是遠遠高于傳統(tǒng)的“用戶名＋密碼”的方式。如果每次識別多個手指指紋，還可以進一步提高識別系統(tǒng)的可靠性。